中国药科大学自2011年开始招收专业学位硕士研究生，截止2023年12月，学校拥有5个专业学位硕士点，1个专业学位博士点。同时，学校为全国药学专业学位研究生教育指导委员会秘书处挂靠单位。
经过多年的基地建设，截止2023年2月，中国药科大学拥有152家专业学位研究生实践基地，其中国家级示范基地7家，重大基地4家，校级基地33家，遍布上海、北京、重庆、杭州、苏州等一线城市。
基地培养学生的学制为3年，其培养模式为“0.5+2.5”，即学生在学校开展半年的理论课学习，随后赴基地开展两年半的专业实践，开展项目研究。
在学生培养方面，实行双导师制（校内、校外导师共同指导），推行胜任岗位挑战的“项目贯通”式培养模式，依托基地发布的新药研发与评价、药物质量控制、药物临床使用、药品注册与监管等方向的行业一线项目，实施项目贯通联合培养，将项目管理和学生培养环节有机融合。在基地培养的专业学位硕士研究生将在攻读硕士学位阶段接触并承担药学行业一线研究工作。
在制度建设方面，基地针对学校研究生管理相关要求，制定了较为完善的规章管理制度，包括《联合培养研究生管理暂行办法》《研究生学位论文开题报告暂行规定》《联合培养研究生中期考核实施暂行规定》《联合培养研究生攻读学位期间发表论文的规定》《研发中心培训管理规程》《研发中心分级人才培养方案》等，保障学生在基地实践过程中的培养质量。
在科研条件方面，提供丰富的学习条件与科研资源（包括各种科研数据库、仪器设备等），同时提供完成科研任务所需的经费支持，并安排研究生参与科技重大专项等国家级和省级重点科研项目，享受规定的有关权益并享有获得有关荣誉称号和奖励的评选权利。
在生活保障方面，联合培养研究生除享受国家和学校规定的生活补助等待遇外，基地还为研究生提供一定金额的生活补助并提供免费住宿等。为了提升联培生德智体全面发展，基地也为学生组织了多种户外素质拓展活动及文化娱乐活动。
2024年度中国药科大学招生基地简况如下：
国家级示范基地、重大基地、校级基地（2024年招生）
基地名称 | 基地级别 | 招生简况介绍 |
现代制药产业学院校企联合创新平台 | 校企创新平台 |
|
重庆中国药科大学创新研究院 | 校地研究院 | 见多靶标天然药物全国重点实验室官网简介 |
中国药科大学（杭州）创新药物研究院 | 校地研究院 | 见药学院官网简介 |
南京圣和药业股份有限公司 | 国家级 |
|
天津天士力控股有限公司 | 国家级 重大基地 |
|
中国食品药品检定研究院 | 国家级 |
|
美国奥思达药业（海外基地） | 国家级 |
|
公安部禁毒情报技术中心 | 国家级 | 见药学院官网简介 |
江苏省食品药品监督检验研究院 | 国家级 |
|
正大天晴药业集团股份有限公司 | 重大基地 |
|
江苏先声药业有限公司 | 重大基地 |
|
石家庄四药有限公司 | 重大基地 |
|
中国科学院上海药物研究所 | 校级 |
|
浙江华海药业股份有限公司 | 校级 |
|
江苏康缘药业股份有限公司 | 校级 |
|
重庆药友制药有限责任公司 | 校级 |
|
东部战区疾病预防控制中心 | 校级 |
|
上海君实生物医药科技股份有限公司 | 校级 |
|
中科中山药物创新研究院 | 校级 |
|
常州千红生化制药股份有限公司 | 校级 |
|
湘北威尔曼制药股份有限公司 | 校级 |
|
苏州独墅湖科教创新区 | 校级 |
|
江苏恒瑞医药股份有限公司 | 校级 |
|
司法鉴定科学研究院 | 校级 | 见药学院官网简介 |
南京济群医药科技股份有限公司 | 校级 | 见多靶标天然药物全国重点实验室官网简介 |
江苏威凯尔医药科技有限公司 | 校级 | 见理学院官网简介 |
上海市第十人民医院 | 校级 | 见基础医学与临床药学学院官网简介 |
南京鼓楼医院 | 校级 | 见基础医学与临床药学学院官网简介 |
南京市第一医院 | 校级 | 见基础医学与临床药学学院官网简介 |
东部战区总医院 | 校级 | 见基础医学与临床药学学院官网简介 |
江苏省苏北人民医院 | 校级 | 见基础医学与临床药学学院官网简介 |
院级基地（2024年招生）
基地管理学院 | 网站宣传链接 |
药学院 | https://yxy.cpu.edu.cn/zsjd/list.htm |
中药学院 | http://zyxy.cpu.edu.cn/zsjd/list.htm |
生命科学与技术学院 | https://sky.cpu.edu.cn/ |
国际医药商学院 | https://sxy.cpu.edu.cn/c3/e5/c8807a181221/page.htm |
理学院 | https://lxy.cpu.edu.cn/zsjd/list.htm |
工学院 | http://gxy.cpu.edu.cn/njszyy/list.htm |
基础医学与临床药学学院 | http://bmcp.cpu.edu.cn/jxjd/list.htm |
多靶标天然药物全国重点实验室 | http://sklnm.cpu.edu.cn/13458/list.htm |
注：各基地联络人及联系方式详见基地介绍中
学校咨询方式：
研究生院：025-86185537（基地咨询）025-86185281（招生咨询）
各学院联系方式：
药学院：025－86185301，联系人：高老师
中药学院：025－86185132，联系人：缪老师
生命科学与技术学院：025－86185397，联系人：许老师
国际医药商学院：025－86185036，联系人：刘老师
理学院：025－86185160，联系人：刘老师
多靶标天然药物全国重点实验室(原药物科学研究院）：025-86185632，联系人：康老师
工学院：025-86185754，联系人：尚老师
基础医学与临床药学学院：025-86185655，联系人：陈老师
