中国药科大学自2011年开始招收专业学位硕士研究生，截止2021年12月，学校拥有5个专业学位硕士点，1个专业学位博士点。同时，学校为全国药学专业学位研究生教育指导委员会秘书处挂靠单位。
经过多年的基地建设，截止2022年3月，中国药科大学拥有75家专业学位研究生实践基地，其中校级基地20家，院级基地55家，遍布上海、重庆、杭州、苏州等一线城市。南京圣和药业股份有限公司、中国食品药品检定研究院、天津天士力控股有限公司、南京鼓楼医院、美国奥斯达药业等基地被评为全国专业学位培养示范基地。
基地培养学生的学制为3年，其培养模式为“0.5+2.5”，即学生在学校开展半年的理论课学习，随后赴基地开展两年半的专业实践，开展项目研究。
在学生培养方面，实行双导师制（校内、校外导师共同指导），推行胜任岗位挑战的“项目贯通”式培养模式，依托基地发布的新药研发与评价、药物质量控制、药物临床使用、药品注册与监管等方向的行业一线项目，实施项目贯通联合培养，将项目管理和学生培养环节有机融合。在基地培养的专业学位硕士研究生将在攻读硕士学位阶段接触并承担药学行业一线研究工作。
在制度建设方面，基地针对学校研究生管理相关要求，制定了较为完善的规章管理制度，包括《联合培养研究生管理暂行办法》《研究生学位论文开题报告暂行规定》《联合培养研究生中期考核实施暂行规定》《联合培养研究生攻读学位期间发表论文的规定》《研发中心培训管理规程》《研发中心分级人才培养方案》等，保障学生在基地实践过程中的培养质量。
在科研条件方面，提供丰富的学习条件与科研资源（包括各种科研数据库、仪器设备等），同时提供完成科研任务所需的经费支持，并安排研究生参与科技重大专项等国家级和省级重点科研项目，享受规定的有关权益并享有获得有关荣誉称号和奖励的评选权利。
在生活保障方面，联合培养研究生除享受国家和学校规定的生活补助等待遇外，基地还为研究生提供一定金额的生活补助并提供免费住宿等。为了提升联培生德智体全面发展，基地也为学生组织了多种户外素质拓展活动及文化娱乐活动。
2022年度中国药科大学招生基地如下表所示：
专业学位研究生培养实践教学场所
提升联培生德智体全面发展，基地设置各种扩展活动及康体中心
条件优越的实验环境与办公环境
基地学生住宿环境
各基地开展丰富的学生活动
中国药科大学研究生院
2022年3月19日
